En mann som er mer død enn levende trekkes opp av Middelhavet av italienske fiskere. Hvem er han? Og hvorfor er det så mange som er etter ham?

Bourne, som lider av hukommelsestap, har lagt sin voldelige fortid bak seg og lever et normalt liv sammen med kjæresten Marie. Men planene hans for et fredfylt liv faller i grus når han såvidt slipper unna et drapsforsøk.

Alt han vil er å forsvinne. Istedenfor er nå Jason Bourne jaktet på av folkene som gjorde ham til den han er.

Jason Bourne har kommet tilbake, men han blir raskt et mål for en ny organisasjon. Nå må han samarbeide med en annen agent for å overleve.